蛋白质的含量是随着食物性质而有所不同的，母乳蛋白质大部分是以a-乳白蛋白为主，若按每日每千克体重摄入100毫升推算，约供应蛋白质1.2克，此量符合世界卫生组织标准推荐量。全母乳喂养的宝宝，蛋白质的能量仅占总能量的7%，所以肥胖儿的发生率较低，同时也降低了成年后各种代谢病发生的危险。再有母乳中的乳清蛋白与酪蛋白的比例为70:30，而牛乳中的乳清蛋白与酪蛋白的比例,18:82，所以母乳的蛋白质为量少质优的蛋白质。尤为重要的是a-乳白蛋白富含婴幼儿生长发育胱氨酸，半胱氨酸。胱氨酸是形成皮肤不可缺少的物质，能加速烧伤的恢复及放射性损伤的化学防护，能刺激红，白血球的增加，可用于治疗皮肤及皮肤损伤。防止皮肤老化和治疗贫血。

       半胱氨酸可缓解药物中毒，白血球减少症等。半胱氨酸能促进毛发的生产，可用于治疗秃发症。还是合成牛磺酸的前体，牛磺酸也是婴幼儿生长发所必需的氨基酸。

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